黄埔海关的前身为1685年清政府设置的黄埔挂号口，是粤海关的一个监管点。新中国成立后，1950年10月设立黄埔支关，隶属广州海关。

　　黄埔海关业务辖区既是华南地区重要的海上对外贸易口岸，也是我国加工贸易开展最早、密度最大的地区之一。关区监管作业场所54个，面积约4658平方公里，业务管辖范围包括广州市黄埔区、增城区和东莞市，业务门类包括海运、陆运、铁路、邮件、跨境电商等。